- работал пластическим хирургом в многопрофильном медицинском центре «Клиник Парк» г. Смоленска;
- оперировал на базе многопрофильной клиники «Уромед» г. Смоленска;
- в настоящее время является пластическим хирургом в клиниках «МедСи» и "Немецкая семейная клиника" г. Санкт-Петербурга.
Основные направления врачебной деятельности Я.Н. Прощенко: реконструктивные и эстетические пластические операции на всех областях тела (блефаропластика, отопластика, липосакция, эндопротезирование груди, абдоминопластика, подтяжка лица), малоинвазивные омолаживающие методики; лечение рубцов, а также пластические операции у детей по поводу лопоухости, врожденных и приобретенных деформациях и рубцах.